Papua merupakan bagian wilayah Negara Kesatuan Republik Indonesia yang memiliki persoalan besar dan membutuhkan perhatian dan penanganan secara serius dari berbagai pihak. Perbedaan aspirasi politik, penyalahgunaan jabatan dan kekuasaan, keberadaan TNI dan POLRI yang melemahkan pemerintahan sipil, rasa saling curiga antar kelompok agama dan etnis merupakan merupakan isu yang menjadi pemicu timbulnya gejolak disintegrasi di Papua.
Masalah penelitian adalah (1) faktor-faktor yang membingkai persoalan Papua yang berdimensi lokal, nasional, maupun internasional, (2) akar persoalan konflik sosial, (3) faktor-faktor yang seringkali pemicu konflik, dan (4) pihak-pihak yang mempengaruhi terjadinya persoalan Papua.
Tujuan penelitian untuk menjawab masalah penelitian dengan mengungkap akar persoalan isu disintegrasi di Papua. Selama ini inti persoalan di Papua berfokus pada kehendak menyelesaikan pelanggaran HAM masa lalu, terutama era Orde Baru, pemajuan dan perlindungan hak-hak masyarakat adat, diskriminasi dan adanya sebagian elit dan masyarakat Papua yang belum menerima Pepera.
Penelitian ini dilakukan secara deskriptif melalui observasi lapangan, studi perpustakaan dan kajian literatur dan dokumenter berupa laporan hasil penelitian tentang masalah Papua dan interview pihak-pihak yang terkait dengan penyelesaian masalah Papua.
Observasi dilakukan terhadap faktor-faktor lokal, antara lain: pemukiman pengelompokan dan pola kekerabatan; Orang Papua Biasa, Pendatang, Pegawai Negeri, Misionaris, Polisi, Tokoh adat, Tokoh Agama, Tokoh Perempuan; kompetisi lembaga keagamaan dan perbedaan agama, pendatang dan penduduk asli, peran lembaga adat dan lembaga keagamaan. Studi Pustaka dilakukan untuk mendapatkan statistik Papua, antara lain: geografis, jumlah dan komposisi penduduk, komposisi etnis, agama, lembaga politik formal dan non-formal; kebijakan diantaranya di bidang hukum dan HAM, moneter, pertahanan keamanan, luar negeri, agama, pendidikan, kesehatan, ketenagakerjaan, dan infrastruktur juga keterwakilan di pusat (eksekutif, legislatif, dan yudikatif); dan isu-isu internasional yang terkait dengan masalah Papua sejak awal integrasi hingga sekarang.
Hasil penelitian menunjukkan dibutuhkan penyelesaian 1) secara hukum dengan pengimplementasian Otsus, upaya penyelesaian dan pencegahan pelanggaran hak asasi manusia, 2) penyelesaian masalah politik, 3) penyelesaian masalah ekonomi 4) penyelesaian masalah identitas kultural.
Kesimpulan: perbedaan persepsi tentang sejarah politik Papua yang menimbulkan pelanggaran HAM, perbedaan persepsi pihak masyarakat Papua yang tidak diselesaikan secara demokratis yang menimbulkan pemahaman tentang identitas kultural yang berbeda dengan identitas kultural masyarakat Indonesia. Upaya pemerintah dengan pemberlakukan otsus belum mampu mewujudkan kesejahteraan masyarakat.
Rekomendasi: perlunya dialog pusat dan daerah dan antar masyarakat Papua, penyelesaian pelangaran HAM berat, penguatan otsus dan pencabutan peraturan perundang-undangan yang menghambat kewenangan pemerintah dalam menjalankan otsus, dan menghindari penggunaan hukum pidana untuk menanggapi aktivitas-aktivitas politik damai.
